Czarna Woda posiada prawa miejskie od 1 stycznia 1993 roku. Uzyskała je w wyniku odłączenia się od gminy wiejskiej Kaliska ( do której jako sołectwo należała równe 20 lat, po reformie znoszącej gromady na rzecz gmin w 1973 r.). Powstała wtedy gmina miejska Czarna Woda obejmująca tylko miasto Czarna Woda. Już 30 grudnia 1994 r. z gminy Kaliska zostały wyłączone następne dwa sołectwa: Huta Kalna oraz Lubiki, które przeszły do miasta Czarna Woda, stając się częściami miasta.
1 stycznia 2014 Czarna Woda zmieniła rodzaj gminy z miejskiej na miejsko-wiejską. W praktyce oznacza to wyłączenie poza granicę administracyjną miasta, obszarów dwóch sołectw Huta Kalna i Lubiki, i przywrócenie im statusu wsi. Z wyłączonych terenów powstał obszar wiejski gminy miejsko-wiejskiej Czarna Woda.
1 stycznia 2014 odebrany został też status miasta gminie miejskiej Czarna Woda z równoczesnym (tego samego dnia) nadaniem statusu miasta miejscowości Czarna Woda. Był to dwuetapowy zabieg administracyjny związany ze zmianą rodzaju gminy z miejskiej na miejsko-wiejską.
Zmianę statusu gminy przeprowadzono na wniosek mieszkańców sołectw. Podyktowana była wieloma warunkami. W części "wiejskiej" gminy dominują funkcje rolnicze oraz usługi związane z obsługą rolnictwa i turystyki. Tereny "miejskie" i "wiejskie" różnią się znacznie pod względem stopnia urbanizacji i rodzaju zabudowy.
Wydzielenie części wiejskiej z miasta Czarna Woda umożliwi jej mieszkańcom korzystanie ze środków Unii Europejskiej przeznaczonych wyłącznie dla miejscowości o statusie wsi, tak jak mieszkańcom wsi z gmin ościennych.